由于
热风循环烘箱可以对外科手术的敷料，橡胶物品和塑料等材料进行高温的消毒，所以它被广泛运用于医疗行业。通常热风循环烘箱采用干热灭菌的方式进行消毒并且不会使材料发生形变。
干热灭菌是通过高温传导来完成的，物品的外表面会吸收大量的热能，然后物品会将热能进行逐层的传递，当热能传递到物品的中心时，热风循环烘箱就开始对物品进行消毒工作；通常热风循环烘箱的灭菌工作会持续一个小时，这样可以有效的杀死物品中生命力较强的孢子。
通常适用于医疗行业的消毒的热风循环烘箱分为两种；一种是强制空气
热风循环烘箱，另一种是静态空气
热风循环烘箱。通常
使用强制空气热风循环烘箱的医疗行业较多，那是因为强制空气热风循环烘箱灭菌效果比比较明显。
